2005 wurden 5 Referenzzentren (RZ) für Qualitätsmanagement und Schulung im Rahmen des Programms eingerichtet. Referenzzentrumsleiterinnen bzw. -leiter sind verpflichtet, eine Screening-Einheit in der ihnen zugewiesenen Region zu leiten. Diese Screening-Einheit dient als Referenz-Screening-Einheit für die Schulung anderer Screening-Einheiten und ihres Personals.
Die 5 Referenzzentren wurden 2017 von der European Reference Organisation for Quality Assured Breast Screening and Diagnostic Services (EUREF) als
European Reference Centers for Breast Screening zertifiziert, die höchste Zertifizierung nach EU-Richtlinien.
2023 wurden sie erneut umfassend geprüft und mit exzellentem Ergebnis rezertifiziert.